扬州大学的研究生教育开始于上世纪60年代初，是国务院批准的首批博士、硕士学位授予权单位。现有一级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点44个，博、硕士专业学位15种，涵盖近80个专业领域。
扬州大学是江苏省属重点综合性大学，是全国率先进行合并办学的高校，1992年由扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校等6所高校合并组建而成。